Con la scoperta del tunnel spaziale che connette il Quadrante Alfa e Gamma nel 2369, nei Fondatori crebbe l'ira per le incursioni nel loro territorio. Per mezzo dei Jem'Hadar mandarono un chiaro messaggio a Deep Space 9, avvertendo la Federazione che ulteriori intrusioni nei loro territori non sarebbero state tollerate. Le spedizioni commerciali e scientifiche nel Quadrante Gamma non furono viste di buon occhio e la risposta del Dominio si concretizzò nel massacro dei coloni bajoriani di New Bajor.
In data stellare 47987.5, il comandante Sisko e Quark furono catturati nel Quadrante Gamma dalle truppe Jem'Hadar, mentre Jake e Nog rimasero bloccati senza riuscire a fuggire. Salvati al prezzo della distruzione della USS Odyssey e di altre navi minori che rischiarono l'ingresso nel Quadrante Gamma per cercarli, nessuno di loro ebbe il sospetto che la femmina Vorta, che era rimasta con loro durante la cattura, fosse in effetti un abile agente del Dominio. Quando si scoprì che era in effetti una spia, la Vorta Eris lasciò un monito: voi non avete idea di cosa è iniziato qui.

Con una invasione minacciata e prevedibilmente non troppo distante nel futuro da parte del Quadrante Gamma, la Flotta Stellare inviò a Deep Space 9 la prima nave da guerra con dispositivo di occultamento uscita dai cantieri di Utopia Planitia. La Defiant era una nave molto manovrabile e agile, espressamente costruita per la battaglia. All'inizio era stata pensata per essere la prima linea di difesa contro i Borg ma venne assegnata a Deep Space 9 per proteggere il tunnel spaziale bajoriano. Di una cosa si era sicuri con i Borg: di quali fossero i nemici... ma i cambianti erano dei nemici ancora più insidiosi. La prima volta che il comandante Sisko usò la Defiant durante una missione per localizzare i Fondatori, cadde in un'imboscata dei Jem'Hadar, ma riuscì a ritornare alla stazione con Dax, Bashir, O'Brien e con l'ufficiale romulano T'Rul. Kira ed Odo furono lasciati indietro e scapparono su una navetta.

Mentre erano intenti a cercare una via per tornare alla stazione, Odo improvvisamente e istintivamente sentì una compulsione ad andare verso la Nebulosa Omarion e insistette che dovevano andare lì, anche contro le obiezioni del maggiore Kira. Alla fine lei accondiscese alla richiesta e in quel luogo trovarono un pianeta che, dopo l'atterraggio, appariva desolato ad eccezione di un grande oceano di liquido gelatinoso. Dal mare di gelatina emersero altri cambianti per ricevere Odo, salutandolo per il suo ritorno al Grande Legame. Sia Kira che Odo rimasero stupiti nell'apprendere che i Fondatori erano il popolo di Odo stesso. Il senso di giustizia di quest'ultimo rigettò lo scopo del totale controllo della galassia e rifiutò l'invito ad unirsi con loro. Quando la decisione fu presa, la Fondatrice (che parlava a nome del suo popolo) li lasciò andare e rilasciò anche il resto dell'equipaggio della Defiant, che era tenuto in uno stato comatoso sullo stesso pianeta. Li avvertì però che la prossima volta il Dominio non sarebbe stato così generoso.

L'Ordine Ossidiano e la Tal Shiar attaccano il pianeta natale dei Fondatori.
Le informazioni sul pianeta natale dei Fondatori furono girate ai Romulani, come parte di un accordo tra la Federazione e l'Impero Romulano stesso che prevedeva la condivisione delle informazioni sul Dominio in cambio dell'uso del dispositivo di occultamento sulla Defiant. I Romulani cominciarono a preoccuparsi per gli scopi del Dominio e la potente Tal Shiar diede vita ad una segreta alleanza con l'Ordine Ossidiano di Cardassia. Questa operazione segreta fu in parte svelata con la scoperta di intense attività militari nel sistema Orias, ma le implicazioni della scoperta non furono comprese fino a che l'operazione stessa ebbe inizio. In data stellare 48622.5 i servizi segreti Romulani e Cardassiani, coalizzati tra loro, lanciarono un attacco preventivo al pianeta natale dei Fondatori. Speravano di neutralizzare il Dominio eliminando il vertice di comando. La coalizione finì diritta in un'imboscata di 150 navi Jem'Hadar che annientarono entrambi i servizi segreti. Un cambiante stava infatti lavorando sotto copertura, impersonando il colonnello Romulano Luvok. Il suo scopo era quello di pungolare i servizi segreti sia dei Cardassiani che dei Romulani per spingerli ad attaccare i Fondatori, un disastro che alla fine portò al collasso di entrambe le agenzie. Solo in quella occasione il Quadrante Alfa ebbe un accenno del metodo di infiltrazione di cui erano capaci i Fondatori.

I Klingon invasero Cardassia con il pretesto che il Concilio di Detapa non era rappresentativo della volontà Cardassiana, essendo stato guidato da Fondatori infiltrati. Attaccarono anche Deep Space 9 quando Sisko intervenne e portò in salvo il governo civile Cardassiano a bordo della Defiant. Con fredde e calcolate manipolazioni da parte dei Fondatori, una generale instabilità politica si diffuse nel Quadrante Alfa. Il trattato di Khitomer, pietra miliare delle relazioni Klingon/Federazione, fu infranto. Con esso si dissolse l'alleanza che aveva stabilizzato per tanto tempo il Quadrante. I Klingon, infatti, non riuscirono a prendere con la forza il Concilio di Detapa ospitato su Deep Space Nine. Con Cardassia in rovina, una nascente ostilità tra Klingon e Federazione e i Romulani che scivolavano nell'isolamento dopo il disastro della Tal Shiar, il Quadrante diventava molto vulnerabile.

In data stellare 49904.2, alcuni Jem'Hadar rubarono degli equipaggiamenti nella stazione e lanciarono un proditorio attacco su Deep Space Nine. La Defiant non era presente e la stazione dovette subire pesanti danni con diciotto decessi e molti più feriti. Sisko non aveva intenzione di lasciar passare sotto silenzio un attacco senza provocazione alla stazione come questo e inseguì i Jem'Hadar attraverso il tunnel spaziale con la Defiant. A mezza strada incontrarono una nave Jem'Hadar danneggiata con a bordo il supervisore Vorta Weyoun. Li informò che quei ribelli Jem'Hadar erano responsabili per l'attacco e che i traditori non erano ancora stati puniti dal Dominio. I ribelli erano vicini al completamento di un portale Iconiano (un portale che dava a chi lo usava un accesso istantaneo a ogni luogo nella galassia ed oltre) che, nei loro progetti, gli avrebbe dato il controllo sia del Dominio che della Federazione. Il Capitano Sisko fu d'accordo nell'effettuare una missione congiunta con Weyoun per eliminare il pericolo rappresentato da questi ribelli. La precaria unione riuscì nell'intento.

I cambianti Fondatori erano stati sospettati a lungo di essere riusciti ad infiltrarsi nel Quadrante Alfa con agenti operativi, ma nessuno (eccetto loro stessi) conosceva la reale estensione di questa rete di agenti. Subito dopo la scoperta del cambiante Luvok, l'ambasciatore Krajensky della Federazione fu sostituito da un Cambiante che salì a bordo della Defiant. Per fortuna fu scoperto prima che potesse sabotare la nave. Il suo piano prevedeva di far scoppiare un conflitto tra la Federazione e gli Tzenkethi, prendendo possesso della Defiant stessa per lanciare un attacco non provocato al sistema Tzenkethi. Odo, durante la collutazione, uccise il Cambiante per salvare la Defiant e la Federazione ma infranse la legge di non violenza ritenuta sacra tra la sua gente. Ne soffrì le conseguenze in seguito.

Odo fu costretto ad essere giudicato per il suo crimine sul pianeta natale dei Fondatori e la sua pena fu indubbiamente severa: gli vennero tolte le sue abilità di mutare forma, il tratto identificativo dei Cambianti. Durante il processo gli fu instillato anche il dubbio che Gowron, capo dell'Alto Consiglio Klingon, fosse un Cambiante. Quando rivelò questa informazione al comandante Sisko, che in seguito la comunicò alla Flotta Stellare, la Federazione vide la possibilità di far terminare il conflitto con i Klingon rivelando che il loro Cancelliere era in realtà una spia. Sisko, Odo, O'Brien e Worf furono inviati in una missione segreta... erano pronti a uccidere Gowron quando Odo, improvvisamente, capì che il Cambiante era in realtà il generale Martok. Il falso Martok fu eliminato con il fuoco combinato di 53 disgregatori Klingon.

Dopo poco tempo Sisko scoprì una nave da battaglia Jem'Hadar schiantata su un pianeta e con tutto l'equipaggio morto. Decise quindi di recuperarla per farla studiare dagli scienziati della Federazione. Un'altra nave Jem'Hadar, che trasportava il supervisore Vorta Kilana, comparve all'improvviso. Con durezza attaccò e abbattè la navetta di Sisko. I Jem'Hadar attaccarono la squadra di esplorazione che si ritirò nella nave nemica schiantata sul pianeta e la usarono come protezione. Kilana cominciò a negoziare con Sisko per la restituzione di una proprietà del Dominio invece di costringere la squadra alla sottomissione con la forza. Il suo intento nascosto era quello di ritrovare le ceneri del Fondatore morto (ucciso durante lo schianto); per questa ragione lasciò la nave a Sisko in cambio dei resti stessi. Con la nave a rimorchio, Sisko raggiunse la più vicina base stellare e la Federazione ebbe modo di studiare da vicino la tecnologia del Dominio per la prima volta.

Nel 2372, Gul Dukat annunciò l'alleanza tra Cardassia e il Dominio, scuotendo violentemente e drammaticamente gli equilibri del Quadrante Alfa. L'invasione klingon aveva distrutto le fondamenta dell'industria e aveva lasciato l'Unione molto più debole di quanto mai fosse stata. L'assistenza della Federazione nella ricostruzione, aveva fatto vergognare i cardassiani e Gul Dukat prese la faccenda nelle sue mani negoziando segretamente con il Dominio. In cambio della potenza militare del Dominio avrebbe offerto l'alleanza con Cardassia. Dukat, per questa ragione, fu nominato capo del nuovo governo quando i negoziati furono portati a termine. Con la ratifica della nuova alleanza, il Dominio potè posizionare le proprie navi e truppe in una posizione favorevole per potere colpire qualsiasi potenza del quadrante... e dovettero fare ai Cardassiani solo piccoli favori per ottenere questi vantaggi.

Con il profilarsi della minaccia del Dominio, altre questioni interne del quadrante vennero messe in secondo piano. L'impero Klingon ratificò nuovamente gli Accordi di Khitomer con la Federazione e le due potenze approntarono insieme la difesa contro un'imminente invasione del Dominio. La Flotta Stellare si radunò per aspettare allo scoperto la flotta Jem'Hadar che era segnalata dai loro sensori... ebbero però la sorpresa di non trovare nessuna flotta nemica davanti a loro. Invece, alle loro spalle, un cambiante che impersonava il dottor Julian Bashir stava volando con una navetta direttamente dentro il sole bajoriano, portando con sè una bomba che aveva la capacità di trasformare il sole stesso in una nova. In questo modo l'intera flotta sarebbe stata distrutta nell'esplosione solare. Il Cambiante e la navetta furono distrutti prima che la missione fosse portata a termine. L'ingegnosità del piano del Dominio lasciò tutti stupefatti e sbalorditi.

Il Dominio offrì a Bajor un patto di non aggressione poco dopo, una proposta che Kai Winn fu molto indecisa ad accettare aspettando un parere dell'Emissario che recentemente aveva già impedito l'entrata di Bajor nella Federazione. L'impero Romulano, comunque, era molto più ricettivo e sottoscrisse un patto di non aggressione con il Dominio. Questo atto portò un ufficiale Klingon a bordo di Deep Space Nine a dire la seguente frase: "i Romulani hanno mantenuto uno stato di neutralità durante la guerra, soddisfatti di guardare i loro vicini combattere e perire".

La crescente presenza del Dominio nel Quadrante Alfa non fece niente per diminuire la tensione all'interno del quadrante. Sisko raccomandò di minare l'entrata del tunnel spaziale per prevenire l'invio di qualsiasi rinforzo da parte del Dominio stesso, una raccomandazione che la Federazione portò avanti. Il lavoro di posa di mine occultate e auto replicanti cominciò immediatamente e Weyoun presto fece una visita alla stazione, intimando a Sisko di disattivare le mine o di essere responsabile dello scoppio di una guerra. Sisko rifiutò e una flotta di navi da guerra Jem'Hadar e Cardassiane attaccò la stazione quasi immediatamente. Dopo avere inferto alla flotta del Dominio un duro colpo con i nuovi sistemi d'arma installati su Deep Space Nine, Sisko fece evacuare la stazione nel momento in cui si accorse che non poteva fare niente altro. Prima di ingaggiare battaglia col nemico, Sisko raccomandò al Consiglio dei Ministri di Bajor di stipulare il patto di non aggressione offerto in precedenza dal Dominio. In mancanza di mezzi per proteggere Bajor nell'immediato futuro, l'Emissario voleva mantenere intatto il mondo di Bajor. La sua salvezza sarebbe stata garantita dal patto. Gul Dukat e Weyoun presero possesso con successo di Terok Nor e furono accolti da Kira ed Odo, rimasti sulla stazione a causa delle loro particolari situazioni.

Il prezzo della vittoria fu molto alto, nondimeno sempre di una vittoria si trattava. Con l'apporto diplomatico di Weyoun, Terok Nor riprese la normale routine di sempre. Al di fuori della stazione, le forze della Federazione e dell'Impero Klingon subirono quasi sempre devastanti sconfitte per mano delle efficienti ed aggressive forze dei Jem'Hadar. Intere flotte furono annichilite e le perdite furono sempre da una parte sola. La Defiant guidò la carica di quelle navi che erano rimaste ma ognuno percepiva la futilità della loro resistenza, facendo crollare il morale della flotta. Più tardi Sisko fu riassegnato a una missione il cui scopo era quello di distruggere il più importante deposito di ketracel bianco dei Jem'Hadar, situato nelle profondità dello spazio Cardassiano. Questa missione avrebbe indebolito le forze del Dominio, se avesse avuto successo. Sisko e il suo equipaggio guidarono la nave Jem'Hadar che avevano recuperato un anno prima per infiltrarsi al di là delle linee del Dominio e riuscirono a distruggere il deposito di ketracel. Nonostante ciò la nave su cui si trovavano fu gravemente danneggiata nell'esplosione: le comunicazioni, i motori a curvatura, gli scudi energetici e le armi furono messi fuori uso. La più vicina stazione della Federazione era lontana diciassette anni luce e con la sola velocità a impulso era una distanza considerevole.